..да и вообще модулем его будет сделать сложно, его нужно интегрировать сразу в магазин,..
Ну не все так критично, если вопрос выбора "куда"(город, отделение) будет реализован. Уже модуль. + добавить выбор платежа.
Тут понятно, как и в большинстве своем: запись в базу, её обновление(хоть раз в неделю, и с головой хватит).
Вот дальше, да.. Синхронизация с НП по API для создания декларации. Тут без "ручег" никак. Только из админки, и под неё затачивать. Получил заказ, ввёл данные по товару в форму, отправил на НП и получил ТТН.
Других вариантов пока не вижу.
ps/ Посмотрел, погуглил, есть варианты реализации, где при оформлении заказа покупатель выбирает город и отделение. И усё. И это продают.
Есть варианты поинтересней, но все они заточены, конечно, под другие cms.