Вообще было бы удобнее все держать отдельными скриптами - так гораздо проще их обновлять и расширять. А склейку производить уже на лету с применением кэширования и gzip-сжатия... все что надо - это один замечательный свободный скрипт и поддержка mod_rewrite. Я так делаю на одном из своих проектов. В итоге обращения к js-скриптам выглядят примерно как:
<script src="/js/moo125.js,moo125m.js,mb.js,menu.js,tooltip.js" type="text/javascript"></script>
Здесь ситуация во многом аналогичная - склеивается Mootools, Mootools More и ряд плагинов к ним.
P.S. Могу поделиться уже готовым решением...