попробуйте в cfg/category_functions.php(но не забудьте сделать бэкап файла), строку:
$q = db_query("select categoryID, name, products_count, products_count_admin, parent, hurl from ".CATEGORIES_TABLE.' where parent='.$path[$level].' and enabled=1 ORDER BY '.CONF_SORT_CATEGORY." ".CONF_SORT_CATEGORY_BY);
заменить на:
$sql = "select categoryID, name, products_count, products_count_admin, parent, hurl from ".CATEGORIES_TABLE.' where parent='.$path[$level].' and enabled=1';
if($path[$level]) $sql.=' ORDER BY '.CONF_SORT_CATEGORY.' '.CONF_SORT_CATEGORY_BY;
$q = db_query($sql);
теперь, по идее, сортируются из админки субкатегории.